تأسست الجامعة عام 2003 باسم جامعة المأمون الخاصة وفقًا للمرسوم التشريعي رقم 294، ثم تحولت ملكيتها عام 2011 إلى نقابة المهندسين السوريين، وتغير اسمها رسميًا إلى جامعة قرطبة الخاصة في 2014. جميع الشهادات الممنوحة معادلة رسميًا لشهادات الجامعات الحكومية السورية.
يقع الفرع الرئيسي في القامشلي، ولها فرع في مدينة حلب ضمن مقر جمعية المهندسين.
